原属于辅臣部门的通政使司取消，职能一分为二，部分划归侍从室，部分划归内阁；翰林院名称、职能不变，受皇帝和内阁共同管辖；国子监归属教育部；宗人府、詹事府名称、职能不变。

在整个改革中，最让朱翊钧头疼的是六科：这个封建集权的强力抓手，放在任何一个序列都违和，且都会带来朝廷运转的低效率。

最后，经过反复思索，朱翊钧不能放弃这个朝政的纠错器和减压阀，因此六科名称未变，职能扩大：朱翊钧将朝廷行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作从吏部剥离，放在了六科——即后世的编制委员会办公室。

事实证明，六科的改革成为整个机构变革的点睛之笔——在新的各部职能交叉、权力清单的确责上起了决定性的作用。

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张居正回京之后，接手的就是这样一个搭起了架子，逐渐开始磨合的新的朝廷。在政事堂主持召开了几次各部尚书参加的内阁扩大会议之后，本就志以天下为己任而才又能副其志的张居正，有一种如臂使指的感觉——发号施令不再有掣肘，不必再像以前那样做大量的沟通协调工作!

因为变法后的朝廷规定了“行政首长负责制”，即俗语说的“官大一级压死人”，下级只需要执行上级的命令，如果上级的命令仅有大纲，下级还有些发挥的余地；若上级命令详尽——你听命执行就好。

如果其他的宰相和首辅的能力算是航母上的重油发动机，张居正就好比核反应堆。原来他需要很多的润滑油和冷却液才能工作，现在则不用了。他终于在新的政治体制中找到了最合适的位置，他只需要听汇报、看材料、开会、调研、分析、思考——发号施令，全体凛遵！