荥经县：明玉珍省入严道县。洪武初年复置荥经县，仍属雅州。

芦山县：元为卢山县省。洪武六年末(1474)置芦山县，来属雅州。西北有临关巡司。

百丈县：洪武四年(1371)省入名山县。平茶洞长官司：元为溶江芝子平茶长官司属思州宣慰司。洪武八年(1375)分置平茶洞长官司，改属酉阳宣抚司；十七年(1384)直属布政司。

客寨副长官司：洪武初年置客寨副长官司。

四川都司：

洪武四年(1371)置四川都卫，治成都府，八年(1375)改置四川都指挥使司。成都中卫：倚郭。洪武八年(1375)置成都中卫于成都府。

成都左卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都左卫于成都府，后废。成都右卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都右卫于成都府。灌县千户所：

景泰六年(1455)置灌县守御千户所于灌县。成都前卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都前卫于成都府。成都后卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都后卫于成都府。

宁川卫：洪武十一年(1378)置宁川卫于成都府。重庆卫：洪武六年(1373)置重庆卫于重庆府。黔江千户所：

洪武十一年(1384)置黔江守御千户所于黔江县。酉阳宣慰司：元为酉阳州[无倚郭]属怀德府。洪武五年(1372)废。洪武五年(1372)于酉阳州置酉阳宣慰司，

八年(1375)降为酉阳宣抚司，属都司，永乐十六年(1418)改属重庆卫，天启元年(1621)复升为宣慰司。司境有宁俊江巡司。石耶洞长官司：元为石耶洞军民府属怀德府。

洪武八年(1375)改置石耶洞长官司，属酉阳宣抚司。地坝副长官司：永乐年间析石耶洞长官司置地坝副长官司。邑梅洞长官司：

元为佛乡洞长官司属怀德府，明玉珍改置邑梅沿边溪洞军民府。洪武八年(1375)改置邑梅洞长官司，属酉阳宣抚司；

十年(1377)自阿鲁徙治凯堡，

建文元年(1399)复徙治阿鲁，永乐初年徙治邑梅。俊倍洞副长官司：永乐年间改俊倍洞千户置俊倍洞副长官司。麻兔洞长官司：

洪武八年(1375)置麻兔洞长官司，后废。溶溪芝麻子坪长官司：元为溶江芝子平茶长官司属思州宣慰司。洪武八年(1375)分置溶溪芝麻子坪长官司，改属思南宣慰司；

十七年(1384)直属布政司，嘉靖二十五年(1546)徙治酉阳宣抚司上济里，寻省入酉阳宣抚司。利州卫：洪武三十一年(1398)置利州卫于广元县。茂州卫：洪武十一年(1378)置茂州卫于茂州。威州千户所：

洪武十八年(1385)置威州守御千户所于威州。陇木头长官司：洪武七年(1374)置陇木头长官司于茂州东北。静州长官司：

洪武七年(1374)置静州长官司于茂州东北。岳希蓬长官司：洪武七年(1374)置岳希蓬长官司于茂州西。松潘卫：元为松州属吐蕃宣慰司松潘叠宕威茂州宣抚司。洪武二十年(1387)废。洪武十一年(1378)置松州卫，

十三年(1380)废，寻复置松州卫，

二十年(1387)松州废，改置松潘等处军民卫

嘉靖二十四年(1563)改置松潘卫。小河千户所：宣德四年(1429)置小河守御千户所于涪水北。八朗安抚司：永乐十四年(1416)置八郎安抚司。麻儿匝安抚司：宣德二年(1427)置麻儿匝安抚司。阿角寨安抚司：

正统五年(1440)置阿角寨安抚司。芒儿者安抚司：