中国古代五大玄学秘术体系山、医、命、卜、相中，茅山法术属于仙之一脉的秘术，是将自然力量仪式化和神秘化之后的产物，是道教所衍生出的一种实用性的方法。祝由术则是医道的一种秘术，这种秘术据说也有念咒做法治病救人的功效。

但祝由术和茅山法术在治病救人的方法论上，有着根本性的不同。

关于祝由术的由来，据说起源于远古三皇五帝时期，当年轩辕黄帝见百姓受到疾病困扰，而那些妖气与邪气趁着人虚弱之际，蚕食人们的魂魄与血肉，使得人类无法走出疾病的困扰，于是，黄帝命手下大臣设“祝由”这一官职。

担任这个官职的人，是一群精通玄学和医术的人，这群人搜集百病的起源，并归纳总结出一套治病救人的方案。

当年黄帝与蚩尤大战之时，九天玄女曾经赐予天地运行的奥秘，这些担任祝由的官员们，就凭借着对于天地大道的体悟与观察，创造出了一套基于玄学理论，并通过实践与推理得到的医道秘术。

据说这种秘术可以通过文字化为符咒，来达到驱除疾病，安神招魂的目的，这种文字符咒，据说当时有一百七十道，这种秘术流传下来，就被称之为祝由术。

后来，中医体系逐渐的建立，实践之中得到的经验又由张仲景、陶弘景、孙思邈、华佗、扁鹊等中国古代医师不断的总结归纳，优化之后，形成了中医理论体系。而祝由术的内容，也被拆开，融入了中医理论体系，其中神秘的秘术在流传之中也就失传了。

直到宋朝之时有节度使受命治理黄河，在清理黄河河道之时，发现了一个刻印着奇异文字的石碑。