1941年4月，南斯拉夫被卷入第二次世界大战，德国和意大利出兵巴尔干半岛，随后联合盟友匈牙利王国及保加利亚王国进攻南斯拉夫，随后遭到支解，旧有克罗地亚省、波斯尼亚地区和斯雷姆等地被组成了服从纳粹德国和意大利的傀儡政权——克罗地亚独立国。

其中意大利王国迫使克罗地亚签署条约割让了部分的达尔马提亚地区，匈牙利也取得了巴兰尼亚的北克罗地亚地区与梅吉穆列县等土地，保加利亚则分得了马其顿大部分领土。

5月罗马条约签订后，意大利王子艾蒙内公爵被任命为形成上的克罗地亚国王并成为意大利的保护国。

克罗地亚领导人安特·帕韦利奇与其领导的法西斯组织乌斯塔沙接掌了独立国的控制权，实施恐怖统治，对犹太人展开迫害、将塞尔维亚人与罗姆人关押到集中营进行种族清洗式的屠杀（尤其著名者为雅瑟诺瓦和斯塔拉·格拉迪斯卡集中营（英语：StaraGradiškaconcentrationcamp）。

据估计，克国在战前有着39000名犹太人定居，战后仅9000人幸存，多已被克国当局或德军杀害，要不就是被驱赶到德国。

其中有一个位于帕岛的集中及灭绝营于1941年8月因污染当地水源及对待受害者的手段太残酷被当地意大利驻军强制关闭。

轴心军占领后不久，南国境内即出现了抵抗运动，分别在德国、保加利亚占领区及意大利占领区，其中克罗地亚独立国境内最多。

1941年6月22日，

“第1锡萨克游击支队（英语：SisakPeople'sLiberationPartisanDetachment）”于克罗地亚的锡萨克一地成军，为德军在南斯拉夫、乃至欧洲占领区第一支反法西斯抵抗运动军事单位，这一天后来也成了克罗地亚的

“反法西斯战争纪念日”。日后出现了由克罗地亚人约瑟普·布罗兹·铁托所领导的共产党多民族反抗军——

“南斯拉夫人民解放军”。这支部队在战火中迅速成长，后来在1943年12月的德黑兰会议中获得同盟国的承认。