西班牙岛初期是西班牙人在新世界最主要殖民地，西班牙人征服了阿兹提克帝国和印加帝国后，重心开始放在美洲大陆，逐渐忽略了伊斯帕尼奥拉岛。

1586年，英格兰德雷克船长曾率领舰队攻打圣多明哥城，但被驻地西班牙部队击退。1605至1606年之间伊斯帕尼奥拉岛西岸的城镇常遭到海盗的掠夺，造成当地人口大多迁往内地。

17世纪初，法国、荷兰和英国的海盗在伊斯帕尼奥拉岛上的西部活动，法国开始让农民和商人逐渐的在西班牙岛上西部开拓殖民地，受到岛上山脉的屏障，没有引起在东边的西班牙人注意。

1677年时，有大约四千名法国人居住在岛上西部的11个村庄。1697年，法国和西班牙根据大同盟战争的勒斯维克条约，将岛上西部地带让给法国，正式承认法国在西班牙岛上西部海地的主权，西班牙岛东部则称为东圣多明哥。法国在伊斯帕尼奥拉岛上对农业经济不断的发展，并引进非洲奴隶耕作，这使得海地在18世纪末时已成为农作物产量非常丰盛的法国殖民地，当时海地人口已达到50多万人，此时每十位海地人里黑人占了九位，成为多数种族。东南边的西班牙殖民地圣多明哥地区人口数为15万人，两地人口比例相当悬殊。

1700年，在西班牙，波旁王朝取代了哈布斯堡王朝。新王朝引进了一些经济改革。圣多明各的贸易开始兴盛。

法国统治（1795-1809年）

1795年，法国和西班牙在瑞士签订《巴塞尔和约》，同意把西班牙岛东部的圣多明哥区域让给法国，使西班牙岛完全成为法国殖民地。六年后，海地黑人杜桑·卢维杜尔带领着其他黑人奴隶群起反抗法国统治，并在1801年夺下法国才统治不久的圣多明哥，进而统一了整个西班牙岛。

1801年，让·欧莱雅抵达圣多明各。他代表法国政府废除奴隶制。1802年，拿破仑派遣军队将整个岛屿征服，并统治了几个月。1802年10月，混血族和黑人起义反抗法国的统治并于1803年将法军击退。1804年1月1日，反抗军宣布圣多明各独立，成立海地共和国。不过被击败法军仍占有着东边的圣多明哥区域。法军于1808年侵略西班牙的同时，岛上东部圣多明各地区的反抗军受到当时与西班牙同盟的英国和海地的援助，终于击退法国的部队，让圣多明哥地区重新成为西班牙的殖民地。