到达新丰，刘玄急忙命令王匡、陈牧、成丹来见他。陈牧、成丹等人不防刘玄设下陷阱，急忙应命来到刘玄帐下。刘玄二话不说，就命左右将这二人抓住，并问这二人，是否知道自己有罪。陈牧、成丹二人自知大势已去，遂没有多加辩驳，便被推出帐外斩首。王匡因为是主将，暂时幸免于难，但是“皮之不存，毛将焉附”？王匡知道，只要危机一过，皇帝就会对自己痛下杀手，于是，王匡迅速整合本部人马，返回长安。

此时，丞相李松带领的勤王兵赶到，偕同赵萌手下的军队，一起反攻长安。一个月之后，王匡等人败逃，刘玄重新做回更始皇帝，只是经此一役，本来就岌岌可危的更始政权，更加风雨飘摇。就连刘玄曾经发号施令的长乐宫也不能再住，刘玄只能搬到长信宫居住。

更始三年（公元25年）三月，赤眉军在蓩乡地区击败了丞相李松率领的更始军主力，全歼其部三万多人，打破了更始政权在东线的重要防线。从此以后，赤眉军一路高歌猛进，又接连攻陷湖县等更始重镇，作为自己暂时的立足之地。此时，赤眉军已经是拥兵数十万，更对更始政权的中心所在长安虎视眈眈。

本来，以更始政权和赤眉军的相对实力而言，赤眉军要获取长安，无异于探囊取物，容易之极。但是在这之前，樊崇还必须要册立一个皇帝，同时理清各级职能部门的关系，只有这样，才能约束流民军，让他们不至于到了千古名都长安之后，得意忘形、胡作非为。同时，也能够借此提高赤眉军的凝聚力和战斗力。

在此之前，隗嚣的军师方望，因拥立刘婴而被刘玄派兵剿灭身死。他的弟弟方阳逃往弘农郡，向赤眉军献降。方阳素有才智，被首领樊崇任用为谋士，参赞机务。樊崇亦是一介武夫，对于朝中各处机要及其职能，所知甚少，只能向方阳请教。方阳当然是知无不言、言无不尽。