从4月下旬开始的布达佩斯战役对于已经做好了充足准备的联军将领们而言仍然到处是惊喜，首当其冲的挑战是明斯克巢穴不仅没有被欺骗反而集中全力增援布达佩斯。在beta的数量优势还不是那么明显的时候，联军没有试图直接攻入布达佩斯、夺回这座大半成了废墟的城市，而是在城市废墟附近徘徊，简直就是期待着beta在这里建造巢穴——心直口快地在作战会议上说出类似的话的几名匈军将领很快就被请走了，他们和他们的部队所能起到的作用也已经微乎其微。

由于从未在beta集群过于密集的情况下进行过测试，联军使用beta诱饵装置隔绝beta援军的战术在初期的试探中以失败告终。一部分诱饵装置在启动之后马上成为了光线级beta或重光线级beta的攻击目标并被立即摧毁，另一些负责看护诱饵装置的防御阵地则在数量众多的beta包围之下成为了前线的孤岛。对于他国的军队而言近乎绝境的战况在美军这里也只是稍微显得棘手一些罢了，能够在小范围区域内投入更多火力的美军只需把战场上的特定光线级beta集群规模削减到临界值以下就能使用集束导弹将其消灭，而正在测试中的激光武器和新型战术机则为美军提供了更多进行定点打击的机会。

到了5月，付出巨大代价的联军成功地使用诱饵装置逐层分散了从明斯克方向赶来的beta集群的攻势，并围绕着布达佩斯建造起了包围圈、将布达佩斯内的beta困在其中。确认布达佩斯城市废墟内存在疑似正在建造中的beta巢穴的联军在确保外部防线安全的前提下组织进攻部队开始进行试探性袭击，他们的计划是在这处beta巢穴激活之前捣毁目标，只可惜布达佩斯的beta激光炮塔过于密集，没法轻易穿过死亡封锁线的联军进攻部队屡次受阻，勉强抵达巢穴附近的战术机部队也无法再前进寸许。不得已之下，联军只好开始抽调外层防线上的部队，此时他们仍然不能有效地清理布达佩斯附近全部的beta建筑结构，更不必说研究人员发现光线级beta开火的频率在过去一年之内呈现出上升趋势。

就在联军陷入进退两难之中时，明斯克beta巢穴却突然转移了主攻目标，载着大量其他大中小型beta的母舰级beta开始翻山越岭地奔向西德。尽管专家学者们对明斯克巢穴转移进攻目标的真实原因依旧一头雾水，这一突如其来的转变倒是拯救了联军的命运，使得他们能够将绝大部分兵力投入到对布达佩斯巢穴的围攻之中。再也不必和当年参加巴列奥略行动的前辈们一样被beta内外夹击的联军表现出了百倍的斗志，他们在付出了巨大伤亡之后终于在1984年5月11日（也有人声称就是在10日）攻入了刚刚建成没多久的布达佩斯巢穴核心地带并成功地摧毁了对于此地beta有着某种重要意义的核心目标。随着战场上大半属于布达佩斯巢穴的beta瘫痪，清剿剩下的隶属于明斯克巢穴的外星异形怪物似乎不费吹灰之力。

但是，为此而承担了巨大压力的西德和北欧的情况却并不乐观。早在1983年秋季，beta就已经从东德沿海地区蹿入西德，袭击汉堡等重要城市，几乎切断日德兰半岛和欧陆的联系。从那时起就进行了多轮动员的西德军本应建立起一支规模和东德军相当的百万大军，然而持续进行的大规模撤离行动却阻碍了西德军继续扩大军队规模。成千上万的西德平民争相逃往大洋彼岸的美利坚合众国或是英伦三岛，eu的相关机构官员们也忙不迭地从布鲁塞尔撤往贝尔法斯特。感到事态严重又不能直接下令把16岁以上、60岁以下的平民全部无差别征召入伍的西德方面只好通过扣押东德难民来解决人口大量流失造成的一系列问题，这又直接导致了和东德的摩擦。

1984年5月10日，当几十万人类联军还在布达佩斯血战时，从罗瓦涅米巢穴和明斯克巢穴倾巢而出的几十万beta已经猖狂地向着中欧的西德防线和北欧的斯堪的纳维亚防线发起了进攻。事先已经收到了警告的各地防御部队立即投入到战斗中，试图尽快把beta清理出去。然而，他们却发现beta的规模异乎寻常地多，多到根本不像是从他们当前所需应对的beta巢穴单方面制造出来的程度。凭借着斯堪的纳维亚半岛的险要地理环境艰难防守的nato联军惊恐万分地发现连正面战场上光线级beta的数量都已经超过了十万，他们急需知道beta能够一次性投入如此之多的兵力的真实原因。

5月17日，位于西德黑森州的alternative-3计划备用项目组在beta迫近的情况下开始朝着法德边境地区的黑森林转移。几天之后，他们在新的实验基地里继续分析前线作战部队辗转送来的beta尸体和艰难地捕捉到的活体样本，并得出了一个惊人的结论：进攻西德和北欧的beta之中混杂着已经不需要直接【承担作战任务】的beta巢穴派遣来的援军。

“仅以阿尔汉格尔斯克巢穴为例，和它的控制区接壤的全部领土都处在其他beta巢穴的控制之下。”岛田真司和亚历山大·莫瑟在焦虑地前来拜访的un军有关人员面前把这个坏消息一五一十地告诉了对方，“过去的研究结果支持这样的结论，即不同beta巢穴之间是具有相对自主性的。它们有自己的议程、自己的任务，而且它们会在条件允许的情况下兢兢业业地发掘地球上的资源而不是沉迷灭绝人类。按照这种理论，由罗瓦涅米巢穴负责的斯堪的纳维亚半岛残余地区应该是不会出现来自阿尔汉格尔斯克巢穴的beta的。现在，我们的新发现证明beta巢穴之间不仅会互相支援而且还有着某种统一调度的机制……”