最终如原著一般，自来也死在了佩恩的手中，并在临死前给漩涡鸣人留下了情报！

与此同时，在宇智波旧族地的遗址当中，宇智波两兄弟，宇智波佐助与宇智波鼬也展开了激战。

在宇智波鼬有意无意的放水之下，宇智波佐助成功完成了自己复仇的心愿。

却在苏醒后被宇智波带土感知了关于宇智波鼬的真相。

又是愧疚，又是悔恨的宇智波须佐激生出了对木叶的恨意，并加入晓组织，准备借助其力量展开对木叶的复仇！

……

虽说因为流云的出现，导致原著的一些剧情都发生了改变。

但就大的规律面前，仿佛冥冥之中有一只无形的大手在推动着一切向原著剧情发展。

佩恩一如原著般毁灭了木叶村，却被修炼仙术成功的漩涡鸣人强势打败。

最后一次主角光环之下，嘴遁发威，说服了漩涡长门，并让其使用了轮回天生之术复活了所有人。

而后又是开启了万花筒写轮眼的宇智波佐助，前往云雷峡去捕捉了八尾人柱力奇拉比！

四代雷影知道之后，大发雷霆，立即决定召开五影大会，准备制裁晓组织以及宇智波佐助。

当然，他所不知道的是，宇智波佐助所捕捉的奇拉比，只不过是八尾一根触角变成的分身罢了。

很快，便来到了五影大会现场，为了杀死团藏，宇智波佐助也追杀到了这里。

只可惜，年少轻狂的却差点死在了这里，幸运的是被宇智波带土救了下来。

最后宇智波带土又打着了宇智波斑的名义，向五大国下了战书！

五大忍村的首脑也终于察觉到了事情的严重性，随后难得的统一了一脸，组建了忍者联盟！

各大忍村几乎所有战力都倾巢而出，奔赴战场。